Nel 1823, dopo il rientro in Inghilterra, Franklin si sposò con la poetessa Eleanor Anne Porden, da cui ebbe l'anno successivo una figlia, Eleanor Isabella.
Nel 1825, mentre si trovava in viaggio per un'altra spedizione, stavolta verso il Mare di Beaufort, al largo delle coste dell'Alaska - con la quale ebbe maggior fortuna della precedente, tanto da poter completare il rilievo di numerosi fiumi (Great Bear River, Mackenzie River e il Coppermine River) -, la moglie morì di tubercolosi.
Nel 1828, nominato baronetto da Giorgio IV, si risposò con Jane Griffin, amica della sua prima moglie e con la quale condivideva la passione per i viaggi, e diede alle stampe il resoconto delle sue ultime esplorazioni, dandogli il titolo di Narrative of the a second expedition to the shores of the polar sea.