Dopo alcune settimane Quirós riprese il mare. Ben presto si separò con le altre navi per le cattive condizioni climatiche.
Il suo secondo in comando, Luis Váez de Torres, dopo aver cercato invano di ritrovare la nave di Quirós, lasciò Espiritu Santo e raggiunse successivamente Manila. Quirós ritornò a Madrid nel 1607.
Ritenuto un personaggio abbastanza strambo, trascorse i successivi sette anni in povertà, scrivendo numerosi resoconti dei suoi viaggi e implorando invano Re Filippo III per il finanziamento di un nuovo viaggio.
Quirós morì a Panama nel 1615.
Il nome di Pedro Fernández de Quirós è oggi principalmente ricordato in Australia. Molti accreditano a Quirós la paternità della parola "Australia" per aver battezzato un'isola delle Vanutu con il nome di "Australia del Espiritu Santo"