Il 12 giugno calcolò, sbagliando, che aveva navigato per 650 miglia lungo le coste di Cuba e tutti i marinai della flotta furono concordi nel dire che non si era mai sentito parlare di un'isola così lunga; Colombo tornò indietro.
A quel punto la piccola flotta si trovava a circa 50 miglia dalla punta occidentale di Cuba, ma come avrebbe potuto saperlo Colombo? Per tutto il resto della sua vita fu fermamente convinto che Cuba era una penisola dell'Asia.
Il viaggio di ritorno incessantemente ostacolato da venti contrari, fu terribilmente lungo; ciò nonostante, invece di tornare subito a Isabela, Colombo si diresse a sud per esplorare e disegnare sulla carta geografica le coste meridionali di Giamaica e di Hispaniola, e raggiunse Isabela solo il 29 settembre.