Nell'Oceano Indiano, una delle navi di Pedro Álvares Cabral, scoprì il Madagascar, che fu poi parzialmente esplorato da Tristão da Cunha (1507); Mauritius fu scoperta nel 1507, Socotra venne occupata nel 1506 e, nello stesso anno D. Lourenço d'Almeida visitò Ceylon.
L'impero portoghese in Oriente venne riconosciuto con il Trattato di Tordesillas. I portoghesi stabilirono poi basi commerciali e avamposti a Goa, Malacca, nelle Molucche, a Macao e Nagasaki. Costretti a difendere le loro rotte commerciali sia dagli europei che dagli asiatici, i portoghesi dominavano non soltanto i commerci tra Asia e Europa, ma anche quelli tra le varie regioni asiatiche, tra cui India, Indonesia, Cina, e Giappone.