Borchgrevink tornò una seconda volta in Antartide con la spedizione Southern Cross.
Componenti della spedizione, erano 29 uomini, in maggioranza norvegesi, due britannici e il meteorologo Louis Bernacchi, che aveva preso parte alla spedizione Scott del 1901-1904.
Il gruppo sbarcò a Capo Adare in febbraio 1899 e si mise subito all'opera per costruire una capanna di legno, la prima costruzione edificata in Antartide, tuttora esistente.
La nave Southern Cross fece quindi rotta verso la Nuova Zelanda, mentre Borchgrevink e altri nove uomini si preparavano a trascorrere l'inverno australe in Antartide.
Nel gennaio 1900 la nave tornò sul posto per recuperare la spedizione.