La migrazione degli esemplari sessualmente maturi inizia dalle acque dolci o salmastre dove questi pesci risiedono, in autunno. L'istinto riproduttivo è talmente forte che le anguille che vivono in laghi o stagni chiusi non esitano ad uscire dall'acqua ed a raggiungere il fiume o il mare strisciando come serpenti, questo avviene durante la notte, soprattutto in condizioni di pioggia (che consente ai pesci in migrazione di evitare la disidratazione) e di assenza di luna (dato il carattere lucifugo della specie).
Si suppone che la migrazione avvenga ad alte profondità attraverso itinerari poco noti. Raggiunto il mar dei Sargassi le anguille depongono le uova e poi muoiono.
Alla schiusa dell'uovo la giovane anguilla fa il medesimo percorso fatto dalla madre per tornare in Europa nell'esatto luogo da dove essa proveniva, impiegando circa 3 anni per effettuare tutto il viaggio.