E’ interessante analizzare la strategia di combattimento che nel XVI secolo tutte le flotte adottavano e a cui Lepanto non fece eccezione.
Per il combattimento, le galee si schieravano fianco a fianco su una linea di fronte leggermente incurvata a mezzaluna, con la concavità rivolta verso la flotta nemica, che si avvicinava con la stessa formazione e su rotta opposta.
Questa formazione iniziale di combattimento era logica, poiché in essa ogni galea risultava protetta sui fianchi dalle due adiacenti e non esponeva così alle offese nemiche le sue parti più vulnerabili, cioè il palamento dei remi (l'apparato motore) e i rematori (la forza motrice).
Inoltre questa formazione faceva sì che ogni galea presentava al nemico la prora, cioè la sua parte più resistente alle offese e meglio armata, grazie alla presenza dei cannoni.
A proposito di questi ultimi, va però ripetuto che le artiglierie dell'epoca avevano una gettata assai limitata e un lento ritmo di fuoco; esse venivano perciò impiegate a distanza molto ravvicinata, in modo da infliggere il massimo dei danni materiali e di perdite umane alla galea nemica, poco prima di investirla con lo sperone e abbordarla con i soldati.
- Al centro della formazione, schierata in linea di fronte per il combattimento, si trovava la galea del comandante in capo, che si chiamava la reale se vi era imbarcato il sovrano o un suo rappresentante.
- La galea, dove era invece imbarcato l'ammiraglio, o, come si diceva a Venezia, il capitano generale da mar, si chiamava la capitana e, per farsi riconoscere, portava sulla poppa tre alti fanali, riccamente decorati.
- Ai due estremi dello schieramento si trovavano le galee dei due capi più elevati in grado dopo il capitano generale; essi avevano il compito di difendere le ali della formazione dai tentativi di aggiramento del nemico e tentare invece di aggirare le sue ali estreme; queste galee si riconoscevano perché portavano, a poppa, un grande fanale.
In generale, lo schieramento comprendeva un gruppo di galee centrale, due gruppi di galee sui due lati e uno di riserva in posizione arretrata.
Fra i vari gruppi esisteva generalmente una distanza di circa 80 metri, mentre le galee di ogni gruppo navigavano il più vicine possibile tra di loro, compatibilmente con l'uso dei remi (circa 20 m. l'una dall'altra), in modo da potersi aiutare in caso di bisogno, e da impedire infiltrazioni di galee nemiche. Nello stesso tempo, questa formazione serrata permetteva la sorveglianza reciproca fra le galee vicine, intesa a evitare ogni defezione.