Nel 1509 il mandato d'Almeida giunse a termine e re Manuel I lo sostituì con
Alfonso de Albuquerque, un nobile di 56 anni, di famiglia regale
(discendeva dai re di Castiglia e del Portogallo), che nutriva progetti grandiosi di fama, ricchezza e onore.
Albuquerque "migliorò" ulteriormente, se è possibile definirli in questo modo, i successi ottenuti dal suo predecessore. Il nuovo viceré, infatti, estese l'autorità portoghese all'interno del subcontinente e si assicurò il controllo di numerose basi ottimamente situate, per esercitare un'influenza ad ampio raggio sui territori soggetti alla sua podestà.
Nel 1510 strappò ai musulmani la città di Goa, sede di cantieri navali al confine settentrionale della costa del Malabar, designandola quale capitale.
La conquista di Goa avvenne con un barbaro ed inutile bagno di sangue:
- più di 6.000 morti con
- moschee incendiate e
- centinaia di fedeli bruciati vivi.
Tra gli ufficiali impegnati nella conquista di Goa ce ne è uno che diventerà famoso : Ferdinando Magellano
Disgustato dai massacri e dalla prevaricazione dominante, Fernao, che aveva ormai guadagnato il rango di capitano, riparti’ per il Portogallo. Invano l’amico Francisco Ferrao cercò di convincerlo a restare.