Il 7 aprile la flotta giunse a Mombasa, sulla costa del Kenya e gettò l'ancora appena fuori dal porto, perché il comandante, temendo un tradimento, era restio ad avvicinarsi ulteriormente.
I suoi timori erano fondati; infatti, nella notte, un gruppo di circa 100 uomini armati cercò di salire a bordo delle navi nel tentativo di catturarle.
Alcuni assalitori, presi prigionieri e torturati "con olio bollente gettato sulla pelle" confessarono che il sovrano locale, avuta notizia del bombardamento di Mozambico, era desideroso di
far entrare le navi portoghesi in porto per vendicare l'attacco subito dal suo alleato.
Il giorno seguente, il Re inviò vari doni (fra cui grandi quantità di arance, che fecero guarire i marinai colpiti da scorbuto) che Vasco da Gama contraccambiò con una collana di corallo, rifiutando però di entrare nel porto.
Nonostante un secondo tentativo dei Musulmani di danneggiare le navi, il comandante, rimase alla fonda fuori del porto per altri due giorni prima di riprendere il mare il 13 aprile.