Nell'agosto 1517 Balboa, con 235 Spagnoli, si mise di nuovo in viaggio verso il Mare del Sud.
Qesta volta, gli Spagnoli trasportavano loro stessi le provviste, tra cui legname locale con il quale avrebbero voluto costruire imbarcazioni per raggiungere l'Arcipelago de las Pedas. Portarono con sé il legname, credendo che non potesse essere intaccato dalle brume.
Quando la spedizione raggiunse finalmente In fiume che sfociava nel Mare del Sud, una piena improvvisa spazzò via il legname e gli Spagnoli poterono salvarsi a stento arrampicandosi sugli alberi. Pensando che legno di qualità scadente fosse meglio di niente, cominciarono subito a segare nuove tavole.
Nel maggio 1518 fu completata la costruzione di due piccole navi che scesero il corso del fiume ed entrarono in mare. Dopo un viaggio lungo e difficile, gli Spagnoli approdarono alle isole dell' Arcipelago de las Pedas giusto in tempo: le imbarcazioni, mal costruite e con le tavole crivellate di fori dovuti alle brume, affondarono subito dopo l'arrivo.
Gli esploratori scoprirono che le isole avevano pochi abitanti e ancor meno tesori.
Delusi ma non scoraggiati, costruirono nuove imbarcazioni e, alla fine di settembre, lasciarono le isole e trascorsero parecchie settimane eseguendo ricognizioni lungo la costa dell'istmo.